καὶ ἦλθον ἐπὶ θάλατταν εἰς Τραπεζοῦντα πόλιν Ἑλληνίδα οἰκουμένην ἐν τῷ Εὐξείνῳ Πόντῳ, Σινωπέων ἀποικίαν, ἐν τῇ Κόλχων χώρᾳ. ἐνταῦθα ἔμειναν ἡμέρας ἀμφὶ τὰς τριάκοντα ἐν ταῖς τῶν Κόλχων κώμαις
Ξενοφώντος, Κύρου Ἀνάβασις, 4.8.22
Σύμφωνα με τη διήγηση του Ξενοφώντα, το 400 π.Χ. οι Μύριοι έφτασαν στην Τραπεζούντα, όπου έτυχαν θερμής υποδοχής από τους κατοίκους της. Πρόκειται για την πρώτη μαρτυρία της πόλης σε έργο Έλληνα ιστορικού που μας πληροφορεί για τη δημιουργία της από κατοίκους της Σινώπης, οι οποίοι με τη σειρά τους είχαν έρθει ως άποικοι από τη Μίλητο. Ο ακριβής χρόνος ίδρυσής της δεν είναι γνωστός, καθώς η χρονολογία 757/6 π.Χ. που απαντά στις πηγές είναι υπό αμφισβήτηση.
Κτισμένη σε τρεις λόφους στους βόρειους πρόποδες του Μίνθριου όρους (σημερινό Boztepe), η Τραπεζούντα λέγεται πως οφείλει την ονομασία της είτε στην ομαλότητα του εδάφους της, όπως η επιφάνεια ενός τραπεζιού, είτε στο σχήμα της ακρόπολής της. Η γεωγραφική της θέση στη νοτιοανατολική ακτή του Ευξείνου Πόντου, σε φυσικά οχυρή τοποθεσία και με ένα αρκετά ασφαλές λιμάνι, συνέβαλε στην οικονομική ανάπτυξή της.
Η εξάρτηση της αρχαίας Τραπεζούντας από τη μητρόπολή της Σινώπη αποδεικνύεται από την καταβολή δασμού σε αυτήν ως τα τέλη του 5ου αι. π.Χ. Από τότε και κατά τον επόμενο αιώνα η πόλη άνθισε οικονομικά και έκοψε το δικό της νόμισμα. Παρά την έλλειψη αρκετών πληροφοριών, φαίνεται πως μέχρι και την εποχή των επιγόνων του Μ. Αλεξάνδρου, η Τραπεζούντα απολάμβανε έναν μεγάλο βαθμό ανεξαρτησίας. Περίοδο ακμής γνώρισε επί των Μιθριδατών βασιλέων και κυρίως επί Μιθριδάτη Στ΄ Ευπάτορος (120-63 π.Χ.), ενώ υπήρξε ελεύθερη πόλη και σύμμαχος των Ρωμαίων. Ωστόσο, μετά την υποστήριξη του Νίγρου εναντίον του Σεπτιμίου Σεβήρου (193-211 μ.Χ.) και τη νίκη του δεύτερου στα τέλη του 2ου αι. μ.Χ., η Τραπεζούντα έχασε τα προνόμιά της. Αργότερα, το 260 μ.Χ. υπέστη καταστροφές από τις επιδρομές των Αλανών και των Σαρμάτων.
Επί Ιουστινιανού (527-565) πραγματοποιήθηκε η μεταφορά της πρωτεύουσας του Πόντου από τη Νεοκαισάρεια στην Τραπεζούντα η οποία τον 8ο αι., με την εισαγωγή του θεματικού θεσμού, κατέστη πρωτεύουσα του θέματος Χαλδίας. Το 1071 η πόλη κατελήφθη από τους Σελτζούκους Τούρκους, οι οποίοι την ίδια χρονιά νίκησαν τα βυζαντινά στρατεύματα του Ρωμανού Δ΄ Διογένη (1068-1071) στο Μαντζικέρτ. Απελευθερώθηκε το 1075 από τον δούκα Θεόδωρο Γαβρά ο οποίος, όπως και οι διάδοχοί του, παρουσίασαν τάσεις αυτονόμησης από την πρωτεύουσα, με τον έλεγχο του Πόντου να σταθεροποιείται στα τελευταία έτη της βασιλείας του Ιωάννη Β΄ Κομνηνού (1118-1143) και επί Μανουήλ Α΄ Κομνηνού (1143-1180).
Τομή στην ιστορία της πόλης αλλά και γενικότερα της περιοχής του Πόντου, υπήρξε το 1204 όταν μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Λατίνους της Δ΄ Σταυροφορίας, οι αδελφοί Αλέξιος και Δαυίδ Κομνηνός, εγγονοί του αυτοκράτορα Ανδρονίκου Α΄ (1183-1185), κατέλαβαν την Τραπεζούντα και ίδρυσαν την ομώνυμη αυτοκρατορία. Θέλοντας να τονίσει τη βασιλική του καταγωγή, ο Αλέξιος έλαβε το επίθετο «Μέγας Κομνηνός», προσωνυμία που διατήρησαν όλοι οι ηγεμόνες του κράτους στα 257 έτη της ύπαρξής του. Μέσα σε αυτό το διάστημα, η αυτοκρατορία γνώρισε τη σελτζουκική και τη μογγολική επικυριαρχία, κλυδωνισμούς στο εσωτερικό της από τη διαμάχη της φιλοκωνσταντινουπολίτικης και μη πολιτικής, καθώς επίσης προβλήματα με τους Γενουάτες στους οποίους είχε επιτραπεί η ίδρυση εμπορικής παροικίας. Ωστόσο, η πόλη αναδείχθηκε σε σημαντικό πνευματικό αλλά και εμπορικό κέντρο, κυρίως μετά τη μογγολική κατάληψη και καταστροφή της Βαγδάτης το 1258, η οποία μετατόπισε τον δρόμο των καραβανιών προς τη Μαύρη Θάλασσα.
Η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας καταλύθηκε το 1461 από τον Μωάμεθ Β΄ (1451-1481) ο οποίος το 1463 θανάτωσε τον τελευταίο Μεγαλοκομνηνό αυτοκράτορα Δαυίδ Α΄ (1458-1461) μαζί με τους γιους του. Ο ελληνικός πληθυσμός της πόλης, που μειώθηκε δραματικά μετά την οθωμανική της κατάκτηση, αυξήθηκε μετά τα μέσα του 17ου αι., φτάνοντας σε μεγάλη ακμή στο β΄ μισό του 19ου αι. και στις αρχές του 20ού αι., οπότε το 1923 με τη Συνθήκη της Λωζάννης αναγκάστηκε να εγκαταλείψει τις πατρογονικές του εστίες. Αδιάψευστοι μάρτυρες της ιστορικής του παρουσίας παραμένουν μέχρι σήμερα τα μνημεία που στέκουν σε καλή ή ερειπιώδη κατάσταση, εντός αλλά και εκτός πόλης, όπως η Αγία Σοφία και η Παναγία Χρυσοκέφαλος και οι ιστορικές μονές της Παναγίας Σουμελά και του Αγίου Ιωάννη Βαζελώνος.