Στην πλαγιά του τέταρτου λόφου στο βόρειο άκρο της Κωνσταντινούπολης, ανατολικά του σήμερα χαμένου ναού των Αγίων Αποστόλων, δεσπόζει το μεγάλο μοναστηριακό συγκρότημα του Χριστού Παντοκράτορα. Η ανέγερσή του σχετίζεται με τον αυτοκράτορα Ιωάννη Β΄ Κομνηνό (1118-1143) και τη σύζυγό του Ειρήνη της Ουγγαρίας (1118-1134), σύμφωνα με το τυπικό της μονής, γραμμένο από τον ίδιο τον αυτοκράτορα το 1136, το οποίο σώζεται μέχρι σήμερα.
Από το μνημειακό σύνολο, που άλλοτε λειτουργούσε ως ευαγές ίδρυμα με γηροκομείο και νοσοκομείο, διατηρούνται σήμερα οι τρεις ναοί του καθώς και μερικά προσκτίσματα στα νότια, τα οποία έχουν συνδεθεί με τους χώρους διαμονής του αυτοκράτορα. Ο νότιος ναός, καθολικό της ανδρώας μονής αφιερωμένο στον Χριστό Παντοκράτορα, αποτελεί τον μεγαλύτερο σωζόμενο σταυροειδή εγγεγραμμένο της Πρωτεύουσας και έναν από τους μεγαλύτερους της βυζαντινής επικράτειας. Η μεγαλοπρέπεια του συμπληρωνόταν με εξαιρετικά ψηφιδωτά, γνωστά σήμερα μόνο μέσω των πηγών, σε συνδυασμό με το επιδαπέδιο μαρμαροθέτημα που κοσμούσε τον κυρίως χώρο του ναού. Ο βόρειος ναός αφιερώθηκε στην Παναγία Ελεούσα, λόγω του συσχετισμού του με το παρακείμενο ευαγές ίδρυμα και ήταν ελεύθερα προσβάσιμος, σε αντίθεση με το άβατο που ίσχυε για τις γυναίκες στον νότιο.
Οι δύο ναοί ενώνονται στα δυτικά μέσω συνεχούς νάρθηκα, ο οποίος φέρει σε όλο του το μήκος δεύτερο όροφο. Σε μεταγενέστερη φάση, το νότιο τμήμα που αντιστοιχεί στο καθολικό της μονής απέκτησε και εξωνάρθηκα. Τον χώρο ανάμεσα στους δύο σταυροειδείς εγγεγραμμένους ναούς συμπλήρωσε το τρουλλαίο παρεκκλήσι του Αρχαγγέλου Μιχαήλ, το οποίο αποτέλεσε μαυσωλείο των Κομνηνών αλλά και αρκετών μελών της Παλαιολόγειας δυναστείας, μεταξύ των οποίων ο αυτοκράτορας Μανουήλ Β΄ (1391-1425) και η οικογένειά του.
Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, το συγκρότημα πέρασε στην κατοχή των Βενετών έως και το 1261, οπότε επέστρεψε στη δικαιοδοσία της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Οθωμανούς το 1453, λειτούργησε αρχικά ως μουσουλμανικό ιεροσπουδαστήριο (medrese) και στη συνέχεια ως τζαμί με το όνομα Molla Zeyrek Camii, προς τιμήν του πρώτου ιεροδιδασκάλου Zeyrek Molla Efendi. Το όνομα διατηρείται έως και σήμερα, συχνά επαυξανόμενο ως Zeyrek Kilise (εκκλησία) Camii, αναφορά που έγκειται στην ενθύμηση της αρχικής λειτουργίας του χώρου.
Στο συγκρότημα έχουν γίνει κατ’ επανάληψη αναστηλωτικές εργασίες. Οι πρώτες, από το 1953 έως το 1967, περιελάμβαναν τον καθαρισμό της δυτικής και νότιας όψης, ενώ τη δεκαετία του 1990 το μνημείο εντάχθηκε σε αναστηλωτικό πρόγραμμα σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο του Illinois. Οι τελευταίες αναστηλωτικές εργασίες πραγματοποιήθηκαν από το 2010 έως και πολύ πρόσφατα.